現存的正門是1832年重新再建之門。

高山陣屋內光官廳部分就有7個玄關。依來訪者身分尊卑而異，進出的玄關不同。

只有代官・郡代及幕府派遣而來的巡見使（即欽差大臣）可直通玄關接待室的入口。

繪有青海波花紋的寬2間半（4.5公尺）壁龕，相當令人印象深刻。

代官・郡代及其下屬官員（手附、手代）的辦公房間，也是官廳的中樞所在。此處是辦理地方政務之處，如：徵收年貢及林區管理、土木行政、警察、審判等事務。

※何謂手附・手代？・・・指代官・郡代的下屬，實際執行公務的低等階官員。

金森氏改封領地後，仍留在高山當地，任命為代官的舊金森氏家臣，又稱地役人(即當地採用官員)所辦公的房間。業務內容多為林區管理、出入管理處（口留番所）的相關工作。

※何謂口留番所？・・・為一管理人、物資進出，通常設置在國境或交通要塞的檢查機構。

專門用來製作代官．郡代所所發行各種文件的房間。通常由低階官員（手代）之子執勤辦公，也為實習的一種。

代官・郡代接待客人或跟下屬會談的房間。

代官・郡代平常辦公的房間。

代官・郡代夫人的房間。

代官・郡代日常生活的房間，最裡面設有茶室。

近身伺候代官・郡代的女傭房。

準備代官・郡代及其家屬伙食之處。

一整年中所有重要的例行活動都會在此舉辦，為高山陣屋最大的房間。

幕府派遣來的官員所使用的房間。

偵訊犯人、交付審判之處。

用來保管鄰近村莊每年進貢稻米的米倉。為江戶時代留存至今的米倉（土牆倉庫）中，屬全日本最古老也是最大的米倉。現在作為公開展示、介紹飛驒歷史文化的設施使用。

高山陣屋裡約有40個房間，每間大多鋪有榻榻米，但榻榻米與其布邊沒有統一形式，每個房間都有不同的組合。不同種類的榻榻米與布邊組合，呈現出每個房間不同的規格與排場。