保存至今的高山阵屋大门是1832年修建的。

高山阵屋内仅行政区域的出入口就有7处，是按身份等级分不同出入口进出。

直通玄关会客室的入口，只允许代官、郡代或从幕府派遣来的监察官才能进出。

迎面映入眼帘4.5米宽的装饰墙上，绘制有蓝色海浪波纹。

代官、郡代及其下属手附、手代工作的房间是官府的办公中心区域。在此实施征收地租、管理森林、土木工程审批、警察、司法等各种各样与地区政务相关的工作。

※手附、手代是指代官、郡代等高管的下属，负责实施事务性工作的低职位官吏。

金森一族转封出羽后，在高山当地被留用的原金森家臣即原家臣的办公用房。大多从事管理森林和警卫室工作。

※警卫室是指设置在区域和交通要道，控制人员和物资进出的设施。

编制代官、郡代发布各种公告文件的场所。
大多由手代儿子实习完成。

代官、郡代会客用房。也做与下属商议事情用房。

代官、郡代日常办公的房间。

代官、郡代的夫人用房。

代官、郡代起居用房。屋内设有茶室。

照顾代官、郡代起居的女佣人用房。

为代官、郡代及其家人准备膳食的地方。

用于举行年初及全年重要仪式的高山阵屋最宽敞的房间。

幕府派遣来的官员用房。

审讯、审判的地方。

储存从附近村庄缴纳来的贡米的粮仓。被誉为是全日本保存至今的江户时期最古老、规模最大的粮仓。现在用作介绍飞驒历史和文化的展览馆。

高山阵屋内约有40间的房间，诸多铺设榻榻米，但榻榻米、包边却不经相同，是根据不同等级铺设相应款式的。可以从榻榻米和包边不同款式，区分出房间的等级。