L'Omotemon actuelle a été reconstruite en 1832.

Il n'existe pas moins de sept entrées au niveau des bureaux administratifs du Takayama Jinya et les entrées et sorties étaient déterminées en fonction du statut social.

Seuls les daikan/gundai ainsi que les inspecteurs dépêchés par le shogunat pouvaient passer par la porte reliée directement à l'entrée d'honneur.

Alcôve d'une largeur de 4,5 mètres qui dégage une forte présence. Le motif des vagues bleues de l'océan y est peint.

Pièce de travail des daikan/gundai ainsi que de leurs assistants, appelés tedai/tetsuke, qui constitue le noyau des bureaux administratifs.
Ils réalisaient diverses tâches liées à l'administration locale depuis la perception des impôts, la gestion des montagnes et forêts, l'administration des travaux publics jusqu'aux fonctions de police et de tribunal.

* Les tetsuke et tedai sont des employés de bas rang qui travaillaient en tant qu'assistant des daikan/gundai.

Pièce où travaillaient les employés locaux qui étaient les subordonnés de l'ancien clan Kanamori restés à Takayama après le changement de province des Kanamori et employés par le daikan. Ils étaient pour la plupart chargés de la gestion des montagnes et forêts ou travaillaient aux postes frontaliers kuchidome-bansho.

* Les duchidome-bansho étaient des établissements construits au niveau d'endroits stratégiques de frontières ou de circulation dans le but de contrôler les entrées et sorties des personnes et des biens.

Pièce qui était utilisée pour la rédaction de divers documents émis depuis le poste de daikan/gundai.
La plupart étaient les fils de tedai (assistants) qui y travaillaient pour apprendre le métier.

Pièce où les daikan/gundai recevaient des invités. Par ailleurs, ils l'utilisaient également pour s'entretenir avec leurs assistants.

Pièce où travaillaient les daikan/gundai pendant la journée.

Pièce des épouses des daikan/gundai.

Arashiyama-no-ma
Cette pièce était utilisée par les daikan/gundai au quotidien. Au fond, une pièce réservée à la cérémonie du thé a été aménagée.

Pièce des femmes qui s'occupaient des besoins quotidiens des daikan/gundai.

Lieu où étaient préparés les repas des daikan/gundai ainsi que de leurs familles.

Salle la plus vaste du Takayama Jinya qui était utilisé pour les évènements annuels importants, à commencer par les festivités du Nouvel An.

Pièce qui aurait été utilisée notamment par les fonctionnaires envoyés par le shogunat.

Lieux où l'on procédait aux interrogatoires des prévenus et où étaient prononcés des jugements.

Grenier à riz où était conservé l'impôt en riz collecté dans les villages voisins.
Il s'agit du grenier à riz (dozo) le plus ancien et le plus grand qui subsiste de l'époque Edo dans le Japon actuel.
Aujourd'hui, il est utilisé comme lieu d'exposition de présentation de l'histoire et de la culture de Hida.

Le Takayama Jinya comporte environ 40 pièces, lesquelles sont presque toutes recouvertes de tatamis. Les tatamis et les bords (heri) ne couvrent pas l'espace de manière uniforme, chaque pièce présentant une disposition différente. Il est possible de penser que le statut de la pièce est représenté par le type de tatamis et de bords.